El arquero argentino debutó en 2005 en Independiente y, rápidamente, se convirtió en una de las figuras del fútbol argentino hasta mediados de 2007 cuando fue vendido al Getafe de España por 8 millones de euros, siendo la venta más cara de un arquero en Argentina. Esta transferencia fue de gran ayuda para que el club de Avellaneda pueda levantar su nuevo estadio Libertadores de América. 

Aun así, el paso de Ustari por el club madrileño no fue el esperado debido a las lesiones ligamentarias que sufrió el de América y, en 2012, rescindió contrato de común acuerdo con el Getafe. Tras este paso, volvió al fútbol argentino para jugar en Boca por un año y, desde ahí, empezó una carrera de poca estabilidad en los clubes en los que paso. 

Tras disputar cuatro partidos en Almería de España y tres en el Sunderland de Inglaterra, el arquero llegó a Newell´s Old Boys de Rosario donde jugó 36 partidos en una temporada pareciendo que volvía a recuperar rodaje. Luego emigró al Atlas de México donde estuvo dos años y disputó 45 encuentros. 

En 2019 jugó 18 partidos en Liverpool de Uruguay y, tras su paso por el fútbol charrúa, arribó al Pachuca de México donde superó la cantidad de partidos disputados en Independiente con 125 apariciones en tres años hasta su ida al Audax Italiano de Chile este año donde jugó solo 13 encuentros. 

 
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